■■日本学術振興会
■■科学研究費補助金（基盤（Ｂ））２０１０〜２０１３年度 課題番号：２２３３０１６４
■国際比較に基づくアーカイブズと社会の関係に関する総合的研究（研究代表者）
■下記の科研において「市民社会にふさわしい記録管理のあり方」を構想する必要がある一方、「社会・文化における記録のあり方の多様性」を整理する必要があるとの認識に基づき発展させた共同研究。略称：第二次藤吉科研。
■■日本学術振興会
■■科学研究費補助金（基盤（Ｂ））２００６〜２００８年度 課題番号：１８３３０１１７
■オーストラリアと日本の自治体における業務記録管理システムの比較研究（研究代表者）
■2005年9月、初めて訪れたPROV:Public Record Office Victoriaの取り組みにびっくりして着手した共同研究。アカウンタビリティ（挙証説明責任）確保のためのしくみについて調べます。略称：藤吉科研。紹介ページは→こちら
■■和歌山県
■■大学等地域貢献促進事業助成（２００６年度）
■3DCGを用いたインタラクティブな高野山立体地図作成の研究（研究代表者）
■近畿大の先生、院生さんたちと鋭意作成中。
■■和歌山県
■■新生わかやま共同研究助成事業（２００３〜２００４年度）
■高野山古地図を利用した自己増殖的デジタル画像作成の研究（研究代表者）
■成果のまとまったものからアップしています。→こちら
■■日本学術振興会
■■科学研究費補助金（基盤（Ａ））２００３〜２００６年度 課題番号：１５２０２０１５
■歴史情報資源活用システムと国際的アーカイブズネットワークの基盤構築に向けての研究（共同研究者）
■高野山古地図から始まってアーカイブズ周辺をうろつき始めたころにお誘いを受け加えていただいた共同研究。その後の科研共同研究の生みの親。